真菌是一類具真核和細胞壁的異養生物。真菌可以通過孢子延續種群，典型的營養體為絲狀分支結構。可污染細胞培養基的真菌種類繁多，最常見的有霉菌（曲霉菌、黑霉菌），白色念珠菌，酵母菌，孢子菌等。

真菌污染是細胞培養過程中最常見的另一種污染，尤其在梅雨季節，真菌孢子結構抗逆性強且可以在很長一段時間內保持休眠狀態，且不同于細菌芽孢的靜態性，真菌孢子更容易隨氣流進行遠距離傳播，一旦外部條件適宜的情況下，這些散播的孢子就會快速生長，為潔凈生產環境造成廣泛而持續性的危害。溫度和水/水活度是影響真菌孢子生長繁殖的重要因素，因而高溫潮濕的梅雨季成為霉菌污染爆發的危險時刻。

常見的真菌感染有煙曲霉菌、黑曲霉菌、毛霉菌、白色念珠菌和酵母菌污染等。

很多實驗室培養霉菌采用的是專用的霉菌培養箱，所以培養箱空間里會有大量的霉菌孢子。而平皿的蓋和底是有一定縫隙的，尤其是玻璃平皿縫隙還是比較大的，正置培養中，孢子會向上飛揚通過縫隙落到平板的培養基上，導致污染。細心地實驗人員可能發現，污染的菌落大部分都是在平皿邊緣生長的。用一次性塑料平皿來培養，污染的概率就會小很多，因為一次性塑料平皿的蓋和底之間的縫隙相比之下是比較小的。因此培養箱環境中的孢子可能會是主要污染源。

正置培養過程中，若是平皿的上蓋有泠凝水，在培養過程中冷凝水滴落到培養基上，也極容易造成菌落蔓延，平皿污染。

因為無菌室里可能也會因為滅菌效果不理想造成污染。完成之前工作的實驗室，操作臺使用紫外線滅菌，經常就會滅菌不到位有孢子污染，尤其是在進行過霉菌的相關檢測之后。

為了有效監測和控制真菌污染，需要做到：

• 有效的環境、人員、儀器控制方案

• 有效的真菌監測和趨勢分析方案

• 具備一定的真菌鑒定能力以支持監測計劃，識別潛在污染源頭

• 選擇有效的消毒方案進行多輪消殺并利用環境監測確認結果

• 制定相關的預防措施